La irradiación corporal total se administra en combinación con quimioterapia en regimenes de acondiccionamiento  para el tratamiento de enfermedades hematológicas, previo al transplante de progenitores hemopoyéticos.

El transplante hemopoyético constituye un procedimiento terapéutico de introducción relativamente reciente en la practica clínica diaria.
El transplante hemopoyetico tiene dos objetivos, susituir la hemopoyesis del paciente por ser defectuosa, insuficiente o neoplásica y permitir un tratamiento antineoplásico en dosis muy elevada que originaria mielodepresión prolongada o definitiva sin el rescate de progenitores hemopoyeticos. Además en el transplante hemopoyetico inmunocompetente derivada del injerto es capaz de contribuir al efecto antitumoral, sobre todo en situación de enfermedad mínima residual.

Como referencia, el rango de dosis administrada en los tratamiento de irradiación corporal total esta en el rango de los 10 a 15 Gy.
Los avances en la quimioterapia, así como la disponibilidad reciente de terapias con anticuerpos anti-CD20, ha ubicado el papel de la irradiación corporal total exclusivamente en los programas de acondicionamiento de los transplantes hemopoyeticos.

Los objetivos de la irradiación corporal total como parte del acondicionamiento pre-transplante son:
1- crear espacio físico en la medula osea donde puedan anidar los progenitores hemopoyeticos a trasnplantar y permitir su repoblación.
2- inducir una inmunosupresión erradicando las células inmunocompetentes del huésped para evitar el rechazo del implante. La inmunosupresion es básica para evitar el rechazo del injerto.
3- Efecto citotoxico erradicando clones celulares malignos.